Plotly简介

Plotly是一款非常强大好用的数据可视化框架

我们可以从他的官网上找到各种封装好的精美图表

官网地址：

不同于seaborn对matplotlib绘图库的封装，他有独特的语法、参数和原理

在生信做图上有较广的应用

例如基础的图表，散点图，折线图等，

箱线图，热图等统计图表，

甚至还有地图中的散点图和密度图等

生物信息领域必备的火山图和曼哈顿图等

本文我们将介绍如何使用plotly绘制联合图（散点图+箱型图）

如下图所示：

实例：

1 在python中使用pip命令安装

pip install plotly

2 导入包

import pandas as pd
import numpy as np
import plotly.graph_objects as go   #plotly地图类的库  graph_objects

3 读取文件

# 读取数据
data = pd.read_excel("E:/odv.xlsx"      
                     ,index_col=0  #使用第一列数据作为索引
                    )
data = data.head(10)

文件格式如下：

4 绘制联合图

# 绘制联合图+箱线图等
fig = px.scatter(data    # 包括温度和盐度 两列数据
                 , x="Temperature [℃]"  # 要和data中的数据对应
                 , y="Salinity [psu]"    # 要和data中的数据对应
                 , marginal_x="box"      #rug,点状分布图 box,箱线图 ；violin,小提琴图 or histogram，柱状图
                 , marginal_y="box"     #rug,点状分布图 box,箱线图 ；violin,小提琴图 or histogram，柱状图
                 , color="depth"       #分类数据  
                 , title="各个水层温度和盐度分布"
                )
fig.show()