那些年踩过的坑(一)——安装Rdkit的曲折之路
因为我一般在实验室的服务器上跑代码(以下的操作也都是在服务器上弄的,我都是用的XShell连的服务器),通常通过下列命令进入tensorflow虚拟环境然后运行python文件就可以了:
conda activate tf
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
于是我又继续去找教程,找到了以下三个大佬的教程:
第一个大佬写了要fan qiang,然而我这条件一时间也没办法弄,所以我找到了后两个大佬的教程,他们写了说是因为用anaconda原网站下载速度慢,需要改用清华镜像网站,于是我按照教程进行操作:
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
操作完成后,我重新执行以下命令:
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
报错变了,是个好兆头,然后我发现报错是在安装blas-1.0时出错,报错中出现了:InvalidArchiveError,而且报错上面说无法删除/mnt/anaconda3/pkgs/blas-1.0-mkl/下面的一些文件,需要删除旧的这些文件,才能安装新的blas-1.0,接着我找到下面这个大佬的方法:
大佬说要删除与报错中对应的文件,这给了我灵感,于是我就直接到/mnt/anaconda3/pkgs/目录下去删除blas-1.0-mkl文件夹,但是很遗憾,我并没有成功,删除命令没有执行成功,它依旧在(我觉得可能是权限的问题,因为我不是管理员账户,但是我查看了它的权限,是777即rwxrwxrwx,讲道理我应该可以删除的啊,有点没搞懂,希望有大佬看到可以为我解惑):
rm -r blas-1.0-mkl
然后我突发奇想,我在XShell上面用命令删的话不行,那我到Xftp上删可不可以呢,事实上是我犯蠢了,在Xftp上删除也是不行的,但是在琢磨了一下后,我想试试在Xftp重命名这个文件夹可不可以,于是我把blas-1.0-mkl文件夹重命名为了blas-1.0-mkl-old,我发现竟然可以(有点瞎猫碰到死耗子的感觉,我感觉没搞懂,但我当时已经顾不了那么多了,有希望简直就谢天谢地了),然后我立马回到XShell,再一次执行以下命令:
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
我的天,终于成功了,安装上了Rdkit,接着我就开始激活my-rdkit-env虚拟环境:
conda activate my-rdkit-env
也没出问题!!!然后我运行python文件也成功了!!!
说实话,到成功的那一刻,确实感觉人生圆满了,但是之后就越发感觉自己好菜,这一点问题弄了这么久,不过,总的来说,还是非常高兴的。
在最后再综合一下所有资源,感谢大佬们的教程,它们有的解决了我的部分问题,有的给我指明了道路,非常感谢他们(第一个是Rdkit官方文档):
